Най-ранният контакт между двете страни беше чрез търговци и изследователи. По-късно в средата на 1800 г. няколко представители на САЩ пътуват до Япония, за да преговарят за търговски споразумения, включително комодор Матю Пери през 1852 г., който договаря първи търговски договор и на Конвенция на Канагава. По същия начин японска делегация дойде в САЩ през 1860 г. с надеждата за засилване на дипломатическите и търговските отношения между двете страни.
Втората световна война виждат страните, изкопани една срещу друга, след като японците бомбардират американската военноморска база в Пърл Харбър, Хавай, през 1941 година. Войната приключи през 1945 г., след като Япония претърпя огромни причинно-следствени причини атомна бомбардировка на Хирошима и Нагасаки и на огнева бомба с Токио.
На 14 август 1945 г. Япония се предаде, което доведе до окупация от победоносните съюзнически сили. След като получи контрол над Япония, американският президент Хари Труман назначен за генерал Дъглас Макартур като върховен главнокомандващ на Съюзните сили в Япония. Съюзническите сили работиха върху възстановяването на Япония, както и за укрепване на политическата легитимност, като публично заставаха на страната на император Хирохито. Това позволи
МакАртър да работи в рамките на политическата система. До края на 1945 г. приблизително 350 000 американски военнослужещи са в Япония, работещи по голямо разнообразие от проекти.Под контрола на съюзниците Япония предприе забележителна трансформация, характеризираща се с нова конституция на Япония които подчертаха демократичните принципи, образователната и икономическата реформа и демилитаризацията, заложена в новата японска конституция. С настъпването на реформите Макартър постепенно прехвърли политическия контрол върху японците, завършил с Договора от Сан Франциско от 1952 г., който официално сложи край на окупацията. Тази рамка беше началото на тясна връзка между двете страни, която продължава и до днес.
Периодът след договора от Сан Франциско се характеризира с тясно сътрудничество между двамата страни, като 47 000 американски военни военнослужещи остават в Япония по покана на японците правителство. Икономическото сътрудничество също играе голяма роля в отношенията със САЩ, предоставяйки на Япония значителни суми помощ в следвоенните периоди, тъй като Япония стана съюзник в Студена война. Партньорството доведе до възстановяване на японската икономика, която остава една от най-силните икономики в региона.