Испанските конквистадори стигнаха до островите на Филипини през 1521г. Те кръстиха страната на името Крал Филип II на Испания през 1543 г., принуждавайки да колонизира архипелага въпреки такива неуспехи като смъртта от 1521 г. на Фердинанд Магелан, убит в битка от войските на Лапу-Лапу на остров Мактан.
От 1565 до 1821 г. вицекралността на Нова Испания управлява Филипините от Мексико Сити. През 1821 г. Мексико става независимо, а правителството на Испания в Мадрид пое пряк контрол над Филипините.
През периода между 1821 и 1900 г. филипинският национализъм се вкоренява и прераства в активна антиимперска революция. Когато САЩ победиха Испания през Испано-американска война от 1898 г. Филипините не получават своята независимост, а вместо това стават американско владение. В резултат на това партизанската война срещу чуждия империализъм просто промени целта на яростта си от испанско управление на американско.
Три ключови лидери вдъхновиха или ръководеха филипинското движение за независимост. Първите двама - Хосе Ризал и Андрес Бонифачо - биха дали своя млад живот за каузата. Третият, Емилио Агиналдо, не само оцелява, за да стане първият президент на Филипините, но и живее до средата на 90-те.
Хосе Ризал беше блестящ и много талантлив човек. Той беше лекар, романист и основател на Ла Лига, мирна група за антиколониален натиск, която се срещна само един път през 1892 г., преди испанските власти да арестуват Ризал.
Хосе Ризал вдъхнови последователите си, включително огнения бунтовник Андрес Бонифачо, който присъства на тази единствена оригинална среща в Ла Лига и възстанови групата след ареста на Ризал. Бонифачо и двама негови сътрудници също се опитват да спасят Ризал от испански кораб в пристанището Манила през лятото на 1896 година. До декември обаче 35-годишният Ризал е съден в срамен военен трибунал и екзекутиран от испански стрелкови отряд.
Андрес Бонифачо, от обеднело семейство от нисък среден клас в Манила, се присъедини към семейството на Жозе Ризал мирна група Ла Лига, но също така вярва, че испанците трябва да бъдат прогонени от Филипините сила. Той основава бунтовническата група Катипунан, която през 1896 г. обявява независимост от Испания и заобикаля Манила с партизански бойци.
Бонифасио играе важна роля в организирането и активизирането на противопоставянето на испанското управление. Той се обяви за президент на ново независимите Филипини, въпреки че претенцията му не беше призната от никоя друга страна. Всъщност дори и други филипински бунтовници оспорват правото на Бонифачо на президентството, тъй като младият лидер няма университетска степен.
Само една година след като движението на Катипунан започна въстанието си, Андрес Бонифасио беше екзекутиран на 34-годишна възраст от колега-бунтовник Емилио Агиналдо.
Семейството на Емилио Агиналдо беше сравнително богато и имаше политическа власт в град Кавит, на тесен полуостров, който се впуска в залива Манила. Сравнително привилегированата ситуация на Агиналдо му предостави възможност да получи добро образование, точно както беше направил Хосе Ризал.
Агиналдо се присъединява към движението на Катипунан на Андрес Бонифачо през 1894 г. и става генерал от областта Кавит, когато през 1896 г. избухва открита война. Той имаше по-добри военни успехи от Бонифасио и гледаше на самоназначения президент поради липсата на образование.
Това напрежение излезе начело, когато Агиналдо подреди избори и се обяви за президент на мястото на Бонифачо. До края на същата година Агиналдо щеше да бъде екзекутиран Бонифасио след фалшив процес.
Агиналдо отиде в изгнание в края на 1897 г., след като се предаде на испанците, но бе върнат обратно в Филипини от американските сили през 1898 г. да се присъединят към битката, която измести Испания след почти четири века. Агиналдо беше признат за първи президент на независимата република Филипини, но беше принуден да се върне в планината като бунтовнически лидер още веднъж, когато избухна Филипино-американската война 1901.