Една част от съвременен синтез на еволюционната теория включва популационна биология и на още по-малко ниво популационна генетика. Тъй като еволюцията се измерва в единици в популациите и само популациите могат да се развиват, а не индивидите, тогава населението биология и популационна генетика са сложни части от теорията на Еволюция чрез Естествен подбор.
Кога Чарлз Дарвин за първи път публикува идеите си за еволюция и естествен подбор, областта на генетиката тепърва ще бъде открита. Тъй като проследяването на алелите и генетиката е много важна част от биологията на населението и популационната генетика, Дарвин не покрива напълно тези идеи в своите книги. Сега, с повече технологии и знания под нашите колани, можем да включим повече биология на населението и популационна генетика в теорията на еволюцията.
Един от начините за това е чрез коалесценцията на алелите. Населението биолози разглеждат генофонд и всички налични алели в популацията. След това се опитват да проследят произхода на тези алели през времето, за да видят откъде са започнали. Алелите могат да бъдат проследени обратно през различни линии на a
филогенетичното дърво, за да видите къде те се сплотяват или се връщат заедно (алтернативен начин на гледане е, когато алели разклонени един от друг). Чертите винаги се сливат в точка, наречена най-скорошен общ прародител. След най-новия общ предшественик, алелите се отделят и се развиват в нови черти и най-вероятно популациите са породили нови видове.The Coalescent Theory, много подобно Равновесие на Харди-Вайнберг, има няколко предположения, които елиминират промените в алелите чрез случайни събития. Коалесцентната теория предполага, че няма случаен генетичен поток или генетичен дрейф на алели в или извън популациите, естественият подбор е не работи върху избраната популация през дадения период от време и няма рекомбинация на алели за образуване на нови или по-сложни алели. Ако това е вярно, тогава най-новият общ прародител може да се намери за два различни рода от подобни видове. Ако някое от гореизброените играе, тогава има няколко препятствия, които трябва да бъдат преодолени, преди най-новият общ прародител да бъде определен за тези видове.
Тъй като технологията и разбирането на теорията на коалесцента стават все по-лесно достъпни, математическият модел, който я придружава, е опроменен. Тези промени в математическия модел позволяват някои от по-рано инхибиращите и сложни проблеми с биологията на населението и генетиката на популацията са погрижени и всички видове популации могат да бъдат използвани и изследвани с помощта на теория.