Джоузеф Егълстън Джонстън е роден на 3 февруари 1807 г., близо до Farmville, VA. Синът на съдия Питър Джонстън и съпругата му Мери, той е назначен за майор Джоузеф Егълстън, командир на баща му по време на Американска революция. Джонстън също беше свързан с губернатора Патрик Хенри чрез семейството на майка си. През 1811 г. той се премества със семейството си в Абингдън близо до границата с Тенеси в югозападна Вирджиния.
Образован на местно ниво, Джонстън е приет в Уест Пойнт през 1825 г., след като е номиниран от военния секретар Джон С. Калхун. Член от същия клас като Робърт Е. завет, той е добър ученик и завършва през 1829 г. класиран 13 от 46. Въведен като втори лейтенант, Джонстън получава задача в 4-та американска артилерия. През март 1837 г. той напуска армията, за да започне да учи строително инженерство.
Кариера на Antebellum
По-късно същата година Джонстън се присъединява към огледална експедиция във Флорида като цивилен топографски инженер. Водена от лейтенант Уилям Попа МакАртър, групата пристигна по време на
Втора семинолска война. На 18 януари 1838 г. те са нападнати от семинолите, докато са на брега в Юпитер, Флорида. В сраженията Джонстън е пасял в скалпа, а МакАртър е ранен в краката. По-късно той твърди, че в дрехите му има „не по-малко от 30 дупки от куршуми“. След инцидента Джонстън решава да се присъедини отново към американската армия и през април пътува до Вашингтон, окръг Колумбия. Назначен за първи лейтенант на топографски инженери на 7 юли, той веднага е уверен в капитан за действията си в Юпитер.През 1841 г. Джонстън се премества на юг, за да участва в проучването на границата между Тексас и Мексико. Четири години по-късно той се ожени за Лидия Мълиган Симс Маклайн, дъщеря на Луи Маклайн, президент на железницата в Балтимор и Охайо и виден бивш политик. Макар и омъжена до смъртта си през 1887 г., двойката никога не е имала деца. Година след сватбата на Джонстън, той е бил приведен в действие с избухването на Мексиканско-американската война. Сервиране с Генерал-майор Уинфийлд Скотармията през 1847 г., Джонстън участва в кампанията срещу Мексико Сити. Първоначално част от щаба на Скот, по-късно той служи като втори в командването на полк от лека пехота. Докато е в тази роля, той печели похвали за представянето си по време на Битките на Контрерас и Churubusco. По време на кампанията Джонстън е бил два пъти пиян за храброст, достигайки до чин подполковник, както и е тежко ранен от грозде, разстрелян при Битката при Серо Гордо и беше ударен отново в Чапултепек.
Междувоенни години
Връщайки се в Тексас след конфликта, Джонстън служи като главен топографски инженер на Департамента в Тексас от 1848 до 1853 година. През това време той започва да пише военния секретар Джеферсън Дейвис поредица от писма с искане за прехвърляне обратно в активен полк и спорещи за неговите брегови редици от войната. Тези молби бяха отхвърлени до голяма степен, въпреки че Дейвис имаше Джонстън, назначен за подполковник от новосформираната 1-ва американска кавалерия във Форт Лийънуърт, KS през 1855 г. Служи под Полковник Едвин V Sumner, той участва в кампании срещу сиуксите и спомага за потушаване на кризата с кървенето в Канзас. Поръчан в Джеферсън Барак, МО през 1856 г., Джонстън участва в експедиции за проучване на границите на Канзас.
Гражданската война
След служба в Калифорния, Джонстън е повишен в бригаден генерал и на 28 юни 1860 г. става генерал от четниците. С началото на Гражданска война през април 1861 г. и отделяне на родната му Вирджиния, Джонстън подава оставка от американската армия. Офицерът от най-висок ранг, който напуска американската армия за Конфедерацията, Джонстън първоначално е назначен за майор генерал в милицията във Вирджиния, преди да приеме комисия като бригаден генерал в армията на Конфедерацията на май 14. Изпратен до ферибота на Харпър, той пое командването на войски, които се събираха под командването на Полковник Томас Джексън.
Командата на Джонстън, наречена армията на Шенандоа, се втурна на изток през юли, за да помогне Бригаден генерал P.G.T. Борегардармията на Потомака по време на Първа битка при бичане. Пристигайки на терена, хората на Джонстън помогнаха за обръщане на сраженията и осигуриха победа на конфедерацията. В седмиците след битката той помага в проектирането на знаменития боен флаг на Конфедерацията, преди да получи повишение на генерал през август. Въпреки че повишението му беше изоставено до 4 юли, Джонстън се разгневи, че е младши за Самюъл Купър, Алберт Сидни Джонстъни Лий.
Полуостровът
Като най-високопоставен офицер, който напуска американската армия, Джонстън твърдо вярва, че е трябвало да бъде старши офицер в армията на Конфедерацията. Споровете с президента на Конфедерацията Джеферсън Дейвис по този въпрос допълнително заглушиха отношенията им и двамата мъже на практика станаха врагове до края на конфликта. Поставен в командването на армията на Потомака (по-късно армия на Северна Вирджиния), Джонстън се премества на юг през пролетта на 1862 г., за да се справи с Генерал-майор Джордж МакКелънКампания на полуостров. Първоначално блокиране на силите на Съюза в Йорктаун и воювайки при Уилямсбург, Джонстън започва бавно отдръпване на запад.
Наближавайки Ричмънд, той е принуден да направи позиция и атакува армията на Съюза в Седем борове на 31 май. Въпреки че спря аванса на Макклелън, Джонстън беше тежко ранен в рамото и гърдите. Отведена в тила за възстановяване, командването на армията бе дадено на Лий. Критикуван за отстъпка пред Ричмънд, Джонстън беше един от малкото, които веднага бяха разбрали това на Конфедерацията липсваха материалните и човешките ресурси на Съюза и той работеше за защита на тези ограничени активи. В резултат на това често се предаваше, докато се стреми да защити армията си и да намери изгодни позиции, от които да се бори.
На запад
Възстановявайки се от раните си, Джонстън получава командването на Западния департамент. От тази позиция той наблюдаваше действията на Генерал Бракстън Брагармията на Тенеси и Генерал-лейтенант Джон Пембъртънкомандване във Виксбург. с Генерал-майор Улис С. Грант агитирайки срещу Виксбург, Джонстън пожела на Pemberton да се обедини с него, така че техните обединени сили да победят армията на Съюза. Това бе блокирано от Дейвис, който пожела на Pemberton да остане в защитата на Виксбург. Липсвайки мъже, които да предизвикат Грант, Джонстън е принуден да евакуира Джексън, MS, което позволява градът да бъде взет и опожарен.
С Грант обсаждайки Виксбург, Джонстън се върна в Джаксън и работи за изграждането на сила за помощ. Заминавайки за Виксбург в началото на юли, той научи, че градът е капитулирал на четвърти юли. Падайки обратно към Джексън, той е изгонен от града по-късно същия месец от Генерал-майор Уилям Т. Шърман. Това падане, след поражението му в Битката при Чатануга, Помоли Брег да бъде облекчен. С неохота Дейвис назначи Джонстън да командва армията на Тенеси през декември. Поемайки командването, Джонстън изпада под натиск от Дейвис да атакува Чатануга, но не е в състояние да го направи поради липса на запаси.
Кампанията в Атланта
Предвиждайки, че пролетните сили на Шерман в Чатануга ще се придвижат срещу Атланта през пролетта, Джонстън изгради силна отбранителна позиция в Далтън, Джорджия. Когато Шерман започна да напредва през май, той избягва директните нападения върху отбраната на Конфедерацията и вместо това започва поредица от завъртащи маневри, които принуждават Джонстън да изостави позицията си след позиция. Отделяйки пространство за времето, Джонстън води серия от малки битки на места като Ресака и църквата Нова надежда. На 27 юни той успя да спре голямо нападение на Съюза в Планината Кенесоу, но отново видя Шерман да се движи около фланга си. Разгневен от възприетата липса на агресия, Дейвис противоречиво замени Джонстън на 17 юли с Генерал Джон Бел Худ. Хипер-агресивен, Худ многократно атакува Шерман, но през септември загуби Атланта.
Финални кампании
С конфедеративните богатства в началото на 1865 г. Дейвис беше подложен на натиск, за да предаде на популярния Джонстън нова команда. Назначен е да ръководи Министерството на Южна Каролина, Джорджия и Флорида, а също и Департамента на Север Каролина и Южна Вирджиния, той притежаваше няколко войски, с които да блокира настъплението на Шерман на север Савана. В края на март Джонстън изненада част от армията на Шерман в битката при Бентънвил, но в крайна сметка беше принуден да се оттегли. Учене на Предаването на Лий в Appomattox на 9 април Джонстън започва преговори за предаване с Шерман в Bennett Place, NC. След продължителни преговори Джонстън предаде близо 90 000 войници в своите департаменти на 26 април. След капитулацията Шерман даде на гладуващите мъже на Джонстън десетдневни дажби, жест, който командирът на Конфедерацията никога не забрави.
По-късни години
След войната Джонстън се установява в Савана, щата Джорджия и преследва различни бизнес интереси. Връщайки се във Вирджиния през 1877 г., той излежава един мандат в Конгреса (1879-1881 г.) и по-късно е комисар на железниците в администрацията на Кливланд. Критичен към своите генерали от конфедерацията, той е служител на парене на погребението на Шерман на 19 февруари 1891г. Въпреки студеното и дъждовно време той отказа да носи шапка в знак на уважение към падналия си противник и хвана пневмония. След няколко седмици борба с болестта, той умира на 21 март. Джонстън е погребан на гробището на Green Mount в Балтимор, MD.