Изомерите са молекули, които имат еднакви химична формула но отделните атоми са подредени по различен начин в пространството. Геометричната изомерия се отнася до вида изомер, при който отделните атоми са в един и същ ред, но успяват да се подредят различно пространствено. Префиксите cis- и trans- се използват в химията за описание на геометрична изомерия.
Тази молекула е 1,2-дихлороетан (С2Н4Cl2). Зелените топки представляват хлорните атоми в молекулата. Вторият модел може да бъде оформен чрез усукване на молекула около централната единична връзка въглерод-въглерод. И двата модела представляват една и съща молекула и са не изомери.
Тези молекули са 1,2-дихлороетен (С2Н2Cl2). Разликата между тези и 1,2-дихлороетан е двата водородни атома са заменени с допълнителна връзка между двата въглеродни атома. Двойни облигации се образуват, когато p орбитали между два атома се припокриват. Ако атомът беше усукан, тези орбитали вече няма да се припокриват и връзката ще бъде прекъсната. Двойната връзка въглерод-въглерод предотвратява свободното въртене на атомите в молекулите. Тези две молекули имат еднакви атоми, но са различни молекули. Те са
геометрични изомери един от друг.В номенклатурата на геометричната изомер префиксът cis- и trans- се използват за идентифициране на коя страна на двойната връзка са открити подобни атоми. Цифровият префикс е от латинското значение „от тази страна“. В този случай атомите на хлора са от една и съща страна на двойната връзка въглерод-въглерод. Този изомер се нарича цис-1,2-дихлороетен.
Трансфиксът е от латинското, което означава „напречно“. В този случай атомите на хлора са разположени през двойната връзка един от друг. Този изомер се нарича транс-1,2-дихлороетен.
Алицикличните съединения са неароматни пръстенни молекули. Когато два заместителни атома или групи се огънат в една и съща посока, молекулата се префиксира чрез cis-. Тази молекула е цис-1,2-дихлороциклохексан.
Има много различия във физическите свойства на цис- и транзизомерите. Цизомерите са склонни да имат по-високи температури на кипене от техните транс-колеги. Обикновено трансомерите имат по-ниски стойности точки на топене и имат по-ниска плътност от техните цивилни колеги. Цизоизомерите събират заряда от едната страна на молекулата, като придава на молекулата общ полярен ефект. Транзизомерите балансират отделните диполи и имат неполярна тенденция.
Стереоизомерите могат да бъдат описани като се използва друга нотация освен cis- и транс-. Например, E / Z изомерите са конфигурационни изомери с всяко въртящо се ограничение. Системата E-Z се използва вместо цис-транс за съединения, които имат повече от два заместителя. Когато се използват в име, E и Z се изписват с курсив.