Еволюционни часовници са генетични последователности в гените, които могат да помогнат да се определи кога в миналото видът се е отклонил от общ прародител. Има определени модели на нуклеотидни последователности, които са често срещани сред сродните видове, които изглежда се променят през редовен интервал от време. Знаейки кога тези последователности са се променили във връзка с Геологична скала за време може да помогне да се определи възрастта на произхода на вида и кога е настъпила спецификация.
Еволюционните часовници са открити през 1962 г. от Линус Полинг и Емил Цукеркандл. Докато изучавате последователността на аминокиселините в хемоглобина от различни видове. Те забелязаха, че изглежда е имало промяна в последователността на хемоглобина през редовни интервали от време в целия запис на изкопаемите. Това доведе до твърдението, че еволюционната промяна на протеините е постоянна през цялото геологично време.
Използвайки тези знания, учените могат да предвидят кога два вида се разминават върху филогенетичното дърво на живота. Броят на разликите в нуклеотидната последователност на протеина на хемоглобина означава известно време, което е изминало от момента на разделянето на двата вида от общия прародител. Определянето на тези различия и изчисляването на времето може да помогне на организмите да бъдат поставени на правилното място върху филогенетичното дърво по отношение на близкородствените видове и общия прародител.
Има и ограничения за това колко информация може да даде един еволюционен часовник за всеки вид. През повечето време той не може да даде точна възраст или време, когато е бил отделен от филогенетичното дърво. Той може да приближи само времето спрямо други видове на същото дърво. Често еволюционният часовник се задава според конкретни доказателства от записа на изкопаемите. Радиометричното датиране на вкаменелости може след това да се сравни с еволюционния часовник, за да се получи добра оценка на възрастта на разминаването.
Въпреки че тези фактори са ограничаващи в повечето случаи, има начини да се отчитат статистически при изчисляване на времената. Ако тези фактори все пак играят, еволюционният часовник не е постоянен, както в други случаи, но е променлив в своето време.
Изучаването на еволюционния часовник може да даде на учените по-добра представа кога и защо е възникнала спецификация за някои части от филогенетичното дърво на живота. Тези различия може да са в състояние да дадат улики за това кога са се случили големи събития в историята, като масови изчезвания.