Има толкова много научни факти, че учените и дори широката общественост приемат за даденост в съвременното ни общество. Въпреки това, много от тези дисциплини, които сега смятаме за здрав разум, все още не бяха обсъждани през 1800 г., когато Чарлз Дарвин и Алфред Ръсел Уолъс първо бяха поставили заедно теорията на еволюцията естествен подбор. Въпреки че имаше доста малко доказателства, за които Дарвин знаеше, докато формулира теорията си, сега имаше много неща, които Дарвин не знаеше.
генетикаили изследването на това как чертите се предават от родители на потомство, все още не е било изчерпано, когато Дарвин написа книгата си Относно произхода на видовете. Повечето учени от онзи период бяха съгласни, че потомството наистина е получило физическите си характеристики от родителите си, но как и в какви съотношения не е ясно. Това беше един от основните аргументи, противници на Дарвин по онова време срещу неговата теория. Дарвин не можа да обясни, удовлетворено от тълпата от ранната антиеволюция, как се е случило това наследство.
Това беше едва в края на 1800 и началото на 1900-те Грегор Мендел свърши играта си за смяна на играта със своите грахови растения и стана известен като „Бащата на генетиката“. Въпреки че работата му беше много здрава, имаше математическа поддръжка и беше правилно, че отне доста време някой да разпознае значението на откриването на Мендел в областта на генетика.
Тъй като областта на генетиката съществува до 1900 г., учените от времето на Дарвин не са търсили молекулата, която носи генетична информация от поколение на поколение. След като дисциплината на генетиката стана по-широко разпространена, много хора се състезаваха да открият коя точно молекула е тази, която носи тази информация. Накрая беше доказано това ДНК, сравнително проста молекула със само четири различни градивни блока, наистина е носител на цялата генетична информация за целия живот на Земята.
Дарвин не знаеше, че ДНК ще го направи стават важна част на неговата теория на еволюцията. Всъщност подкатегорията на еволюцията се нарича микроеволюция се основава изцяло на ДНК и механизма как генетичната информация се предава от родителите на потомството. Откриването на ДНК, нейната форма и нейните градивни елементи направиха възможно проследяването на тези промени, които се натрупват във времето, за да се управлява ефективно еволюцията.
Още едно парче от пъзела, което дава доказателства на Съвременен синтез на еволюционната теория е клонът на биологията на развитието, наречен Evo-Devo. Дарвин не е бил наясно за приликите между групите на различни организми с това как се развиват от оплождането през зряла възраст. Това откритие не беше очевидно дълго след като бяха налице много напредъци в технологиите, като високомощни микроскопи, и ин витро тестове и лабораторни процедури бяха усъвършенствани.
Учените днес могат да изследват и анализират как едноклетъчната зигота се променя въз основа на сигнали от ДНК и околната среда. Те са в състояние да проследят приликите и разликите на различните видове и да ги проследят обратно до генетичния код във всеки яйцеклетки и сперматозоиди. Много важни етапи на развитие са еднакви между много различни видове и насочват към идеята, че някъде на дървото на живота има общ предшественик на живи същества.
Въпреки че Чарлз Дарвин имаше достъп до доста каталог фосили които са били открити през 1800-те години, има много допълнителни открития на изкопаеми след смъртта му, които служат като важни доказателства в подкрепа на теорията на еволюцията. Много от тези „по-нови“ вкаменелости са човешки предци които подпомагат идеята на Дарвин за „слизане чрез модификация“ на хората. Докато по-голямата част от доказателствата му бяха обстоятелствени, когато за първи път предположи идеята, че са хора примати и са свързани с маймуни, оттогава са открити много вкаменелости, които попълват празните места на човешката еволюция.
Докато идеята за човешката еволюция все още е много а противоречива тема, все повече и повече доказателства продължават да бъдат разкривани, което спомага за укрепването и преразглеждането на първоначалните идеи на Дарвин. Тази част от еволюцията, обаче, най-вероятно ще остане спорна, докато някой от двете не е междинен са открити вкаменелости на човешката еволюция или религията и религиозните убеждения на хората престават съществува. Тъй като това е малко вероятно да се случи, ще продължи да съществува несигурност около човешката еволюция.
Друго доказателство, което сега трябва да помогнем в подкрепа на теорията на еволюцията, е как бактериите могат бързо да се адаптират, за да станат резистентни към антибиотици или други лекарства. Въпреки че лекарите и медиците в много култури са използвали плесен като инхибитор на бактериите, първото широко разпространено откритие и употреба на антибиотици, като пеницилин, възникна едва след като Дарвин умря. Всъщност предписването на антибиотици за бактериални инфекции не се превърна в норма чак в средата на 50-те години.
Едва след години, след като широкото използване на антибиотици стана обичайно, учените разбраха, че продължителното излагане на антибиотиците може да доведе до бактериите да се развиват и стават резистентни към инхибирането, причинено от антибиотиците. Това всъщност е много ясен пример за естествен подбор в действие. Антибиотиците унищожават всички бактерии, които не са устойчиви на него, но бактериите, които са устойчиви на антибиотиците, оцеляват и процъфтяват. В крайна сметка ще работят само бактериални щамове, които са резистентни на антибиотика, или „естествен подбор"бактерии са се състояли.
Вярно е, че Чарлз Дарвин имаше ограничено количество доказателства, които биха могли да попаднат в категорията на филогенетиката, но много неща се промениха от момента, в който той предложи Теорията на еволюцията. Карол Линей имал система за именуване и категоризиране, докато Дарвин изучавал данните му, което му помогнало да формулира идеите си.
От откритията му обаче филогенетичната система е променена драстично. Отначало видовете бяха поставени на филогенетичното дърво на живота въз основа на подобни физически характеристики. Много от тези класификации са променени от откриването на биохимични тестове и секвениране на ДНК. Пренареждането на видовете повлия и укрепи теорията на еволюцията чрез идентифициране по-рано пропуснати връзки между видовете и когато тези видове се разклоняват от общото си предци.