Резултатът от битката беше неубедителен, но северът спечели стратегическо предимство. 23 100 жертви.
На 16 септември майор ген. Джордж Б. Макклелън се срещна с генерал Робърт Е. Армията на Лий от Северна Вирджиния в Шарпсбург, Мериленд. На следващата сутрин на разсъмване генерал-майор на Съюза Джоузеф Хукер поведе корпуса си, за да извърши силно нападение на левия фланг на Лий. Това започна какъв би бил най-кървавият ден в цялата американска военна история. Сражения се случиха над царевично поле и около църквата на Дюнкер. Освен това войските на Съюза нападнаха конфедератите по потъналия път, който всъщност проби през центъра на Конфедерацията. Северните войски обаче не следват това предимство. По-късно войските на генерал на Съюза Амвросий Бърнсайд влязоха в сражението, пресичайки се над Антиетам Крийк и пристигайки в правото на Конфедерацията.
В решаващ момент пристигна генералът от Конфедерацията Амброуз Пауъл Хил, младши подразделение Harpers Ferry и контраатакува. Той беше в състояние да шофира обратно Burnside и да спаси деня. Въпреки че е превъзхождал двупосочно, Лий решава да ангажира цялата си армия, докато генерал-майор на Съюза Джордж Б. Макклелън изпрати по-малко от три четвърти от армията си, което даде възможност на Лий да се бори срещу федералите. И двете армии успяха да затвърдят своите линии през нощта. Въпреки че войските му са претърпели осакатяващи жертви, Лий реши да продължи да се кара с МакКелън през целия ден на 18-и, като в същото време отстранява ранения си на юг. След като се стъмни, Лий заповяда да изтеглят очуканата си армия от Северна Вирджиния, за да премине през Потомака в долината Шенандоа.