Въз основа на археологически находки е постулирано това хоминид активността в Япония може да датира от 200 000 Преди Христа когато островите бяха свързани с континенталната част на Азия. Въпреки че някои учени се съмняват в тази ранна дата за обитаване, повечето са съгласни, че с около 40 000 г. пр.н.е. заледението беше свързало островите с континента.
Население на Япония
Въз основа на археологически доказателства те също са съгласни, че между 35 000 и 30 000 г. пр.н.е. Homo sapiens бяха мигрирали на островите от източна и югоизточна Азия и имаха утвърдени модели на лов и събиране и изработване на каменни инструменти. Каменни сечива, местообитания и човешки вкаменелости от този период са открити на всички острови в Япония.
Периодът на Джомон
По-стабилните жизнени модели се раждат с около 10 000 Б.С. да се неолитен или, както твърдят някои учени, мезолита култура. Вероятно далечни предци на айгунските аборигенни хора на съвременна Япония, членове на разнородната култура Джомон (ок. 10 000-300 г. пр. Н. Е.) Оставиха най-ясните археологически записи. Към 3000 г. пр. Н. Е. Хората от Джомон изработвали глинени фигури и съдове, украсени с шарки, направени чрез впечатление на мокра глина с оплетена или неоплетена шнур и пръчки (Джомон означава „шарки на плетена връв“) с нарастваща изтънченост. Тези хора също са използвали отсечени каменни инструменти, капани и лъкове и са били ловци, събирачи и умели крайбрежни и дълбоководни рибари. Те практикували рудиментарна форма на земеделие и живеели в пещери, а по-късно и в групи, или временни жилища от плитки ями или надземни къщи, оставящи богати кухненски мебели за модерно антропологично проучване.
Към късния период на Джомон, според археологическите проучвания се е случила драматична промяна. Началото самоусъвършенстване се е превърнало в сложно оризово земеделие и държавен контрол. Много други елементи на японската култура също могат да датират от този период и да отразяват смесена миграция от северния азиатски континент и южните райони на Тихия океан. Сред тези елементи са шинтоската митология, брачните обичаи, архитектурните стилове и технологичните разработки, като лакиране, текстил, металообработка и изработка на стъкло.
Периодът Yayoi
Следващият културен период, Yayoi (кръстен на частта от Токио, където археологически проучвания открил следите му) процъфтявал между около 300 г. пр.н.е. и А. Д. 250 от южен Кюшу до северен Хоншу. Най-ранните от тези хора, за които се смята, че са мигрирали от Корея в северна Кюшу и са се смесили с Джомон, също са използвали нарязани камъни инструменти. Въпреки че грънчарството на Yayoi беше по-модерно технологично, то беше по-просто декорирано от изделия от Jonon.
Yayoi направи бронзови церемониални нефункционални камбани, огледала и оръжия, а през първия век A.D., железни селскостопански инструменти и оръжия. С увеличаването на населението и обществото се усложнило, те тъкали плат, живеели в постоянни селскостопански села, строени сгради от дърво и камък, натрупват богатство чрез собственост върху земята и съхранение на зърно и развиват ясно социални класове. Напоената им влажна оризова култура беше подобна на тази в централен и южен Китай, което изискваше големи количества на човешкия труд, което доведе до развитието и евентуалния растеж на силно заседнало аграрно общество.
За разлика от Китай, който трябваше да предприеме огромни обществени дейности и проекти за контрол на водата, водещи до силно централизирано правителство, Япония имаше изобилна вода. Тогава в Япония местните политически и социални развития бяха относително по-важни от дейностите на централната власт и стратифицирано общество.
Най-ранните писмени сведения за Япония са от китайски източници от този период. Wa (японското произношение на ранно китайско име за Япония) е споменато за първи път в A. D. 57. Ранните китайски историци описваха Ва като земя на стотици разпръснати племенни общности, а не на обединена земя със 700-годишна традиция, както е заложена в Нихонги, което поставя основите на Япония 660 Б.С.
Китайските източници от трети век съобщават, че хората от Wa са живели на сурови зеленчуци, ориз и риба, сервирани на бамбукови и дървени тави, имали са васални отношения между майстори, събират данъци, провинциални житни зърна и пазари, пляскаха с ръце в богослужение (нещо все още се прави в синтоистките светилища), провеждаха насилствени борби за наследство, изграждаха земни могилни могили и наблюдаваха траур. Химико, жена владетел на ранна политическа федерация, известна като Яматай, процъфтява през третия век. Докато Химико царува като духовен водач, по-малкият й брат извършва държавни дела, които включват дипломатически отношения със съда на китайската династия Вей (А. Д. 220 до 65).