Дата:намерено на 20 юни 1567 г., предоставено на английска разследваща комисия на 14 декември 1568 г.
За писмата на ковчега:
През юни 1567г. Мери, кралица на Шотландия, е заловен от шотландски бунтовници на Carberry Hill. Шест дни по-късно, както твърди Джеймс Дъглас, 4-ти граф на Мортън, слугите му намерили сребърно ковчеже в притежанието на задържащия Джеймс Хепбърн, четвърти граф от Ботъуъл. В ковчега бяха осем букви и някои сонети. Писмата бяха написани на френски. Съвременниците и историците оттогава не са съгласни по отношение на тяхната автентичност.
Едно писмо (ако е истинско) изглежда подкрепя обвинението, че Мери и Ботсуел заедно планирали убийството на първия съпруг на Мери, Хенри Стюарт, лорд Дарнли, през февруари 1567 година. (Мери и Дарнли и двамата бяха внуци на Маргарет Тюдор, дъщеря на Хенри VII, първо Цар Тюдор на Англия и сестра на Хенри VIII. Мери е дъщеря на сина на Маргарет Джеймс V от първия й съпруг Джеймс IV, убит в Flodden. Майката на Дарни беше Маргарет Дъглас която беше дъщеря на Маргарет от втория й съпруг Арчибалд Дъглас.)
Кралица Мери и нейният съпруг (и първи братовчед) лорд Дарнли са отчуждени още когато той почина при подозрителни обстоятелства в Единбург на 10 февруари 1567 г. Много хора вярваха, че графът Ботсуел е уредил Дарнли да бъде убит. Когато Мери и Ботсуел се женят на 15 май 1567 г. подозренията за нейното съучастие се засилват. Група шотландски лордове, водена от полубрата на Мери, който беше граф Морей, се разбунтува срещу управлението на Мария. Тя е заловена на 17 юни и принудена да абдикира на 24 юли. Предполага се, че писмата са открити през юни и играят роля в съгласието на Мария да абдикира.
В свидетелски показания през 1568 г. Мортън разказа историята на откриването на писмата. Той твърди, че слуга на Джордж Далглиш е признал под заплаха от изтезания, че е изпратен от господаря си, граф Ботсуел, за да вземе ковчеже с писма от замъка в Единбург, което Ботсуел тогава възнамеряваше да извади Шотландия. Тези писма, каза Даглиеш, Ботсуел му е казал, ще разкрият „основата на причината“ за смъртта на Дарнли. Но Даглиш е заловен от Мортън и други и заплашва с изтезания. Заведе ги в къща в Единбург и под леглото враговете на Мери намериха сребърната кутия. Върху него беше гравирано надпис „F“, за който се предполагаше, че представлява Франсис II от Франция, покойният първи съпруг на Мария. Тогава Мортън даде писмата на Морей и се закле, че не се е подправял с тях.
Синът на Мария, Джеймс VI, е коронясан на 29 юли, а полубратът на Мария Морей, водач на бунта, е назначен за регент. Писмата бяха представени на таен съвет през декември 1567 г., а изявление до Парламента за потвърждаване на абдикацията описа писмата като правейки „най-сигурно, че тя е тайна, изкуство и част“ в „действителното създаване“ на „убийството на законния й съпруг, краля на нашия суверен лорд баща ".
Мери избяга през май 1568 г. и замина за Англия. Кралица Англия Елизабет Iбратовчедка на кралица Мери, която дотогава е била информирана за съдържанието на писмата на ковчега, нареди разследване на съучастието на Мери в убийството на Дарнли. Морей лично донесе писмата и ги показа на служителите на Елизабет. Той се появява отново през октомври 1568 г. при разследване, ръководено от херцога на Норфолк, и ги произвежда в Westminister на 7 декември.
До декември 1568 г. Мери е затворник на своя братовчед. Елизабет, която намери Мери за неудобна конкурентка за короната на Англия. Елизабет назначи комисия за разследване на обвиненията, които Мери и бунтовническите шотландски господари налагат една срещу друга. На 14 декември 1568 г. ковчежните писма са дадени на комисарите. Те вече бяха преведени на галски език, използван в Шотландия, и комисарите ги бяха превели на английски.
Разследващите сравняват почерка върху писмата с почерка на писма, които Мери е изпратила до Елизабет. Английските представители в разследването обявиха буквите на ковчега за истински. На представителите на Мери беше отказан достъп до писмата. Разследването обаче не намери изрично Мария виновна за убийството, оставяйки съдбата си открита.
Ковчежето със съдържанието му беше върнато в Мортън в Шотландия. Самият Мортън е екзекутиран през 1581г. Писмата на ковчега изчезнаха няколко години по-късно. Някои историци подозират, че крал Джеймс VI от Шотландия (Английски Джеймс I), син на Дарнли и Мери, може да е виновен за изчезването. По този начин днес знаем само буквите в техните копия.
По това време писмата бяха обект на противоречия. Дали фалшивите букви на ковчежетата бяха автентични? Появата им беше много удобна за делото срещу Мери.
Мортън беше сред шотландските бунтовнически лордове, които се противопоставиха на управлението на Мери. Делото им за отстраняване на кралица Мария и инсталиране на невръстния й син Джеймс VI от Шотландия като владетел - с господарите като фактически владетели по време на неговото малцинство - беше засилено, ако тези писма бяха истински.
Този спор продължава и днес и едва ли ще бъде разрешен. През 1901 г. историкът Джон Хюнгенфорд Полен разглежда спора. Той сравнява писма, за които се знае, че са истински написани от Мери, с копията, известни на ковчежните букви. Заключението му беше, че няма начин да се определи дали Мери е оригиналната авторка на писмата на ковчежето.
Докато историците все още се оспорват за ролята на Мери в планирането на убийството на Дарнли, се претеглят други по-косвени доказателства.