Сред множеството избори тези пет петна са най-често срещаните, като се започне с етидиев бромид, който е най-широко използваният. Когато работите с този процес, е важно да знаете не само разликите между петната, но и присъщите рискове за здравето.
Етидиевият бромид вероятно е най-добре познатото багрило, използвано за визуализиране на ДНК. Може да се използва в геловата смес, буфера за електрофореза или за оцветяване на гела след пускането му.
Молекулите на багрилото прилепват към нишките на ДНК и флуоресцират под ултравиолетова светлина, което ви показва точно къде са лентите в гела. Въпреки предимството му, недостатъкът е, че етидиевият бромид е потенциален канцероген, така че с него трябва да се работи много внимателно.
SYBR Златно багрило може да се използва за оцветяване на двойна или едноверижна ДНК или за оцветяване на РНК. SYBR Gold попадна на пазара като една от първите алтернативи на етидиев бромид и се счита за по-чувствителна.
Тъй като флуоресценцията на несвързаната молекула е толкова ниска, не се изисква задържане. Молекулярните сонди, притежаващи лиценз, също (от лансирането на SYBR Gold) разработиха и пуснаха на пазара SYBR Safe и SYBR Green, които са по-безопасни алтернативи на етидиевия бромид.
Петната SYBR Green I и II (отново се предлагат на пазара от Molecular Probes) са оптимизирани за различни цели. Тъй като се свързват с ДНК, те все още се считат за потенциални мутагени и поради това с тях трябва да се работи внимателно.
SYBR Green I е повече чувствителен за използване с двуверижна ДНК, докато SYBR Green II, от друга страна, е най-доброто за използване с едноверижна ДНК или РНК. Подобно на популярното петно от етидиев бромид, тези силно чувствителни петна флуоресцират под ултравиолетова светлина.
И двете SYBR Green I и II се препоръчват от производителя да се използват с "254 nm epi-осветление Polaroid 667 черен и бял филм и фотографски филтър за оцветяване на зелен гел SYBR "за постигане на откриване на 100 pg РНК или едноверижна ДНК на банда.
SYBR Safe е проектиран да бъде по-безопасна алтернатива на петна от етидиум и други SYBR. Не се счита за опасен отпадък и обикновено може да се изхвърля чрез обикновените канализационни системи (т.е. по канализацията), тъй като изпитването за токсичност показва, че няма остра токсичност.
Тестване също показва, има малка или никаква генотоксичност върху клетките на сирийския хамстер ембрион (SHE), човешки лимфоцити, клетки на миши лимфом или е отбелязано в теста на AMES. Петното може да се използва с трансилюминатор със синя светлина, който причинява по-малко щети на визуализацията на ДНК и предлага по-добра ефективност за по-късно клониране.
Също така е добър избор, ако използвате гелове с ниска точка на топене за възстановяване на ДНК. Тя е много стабилна при високи температури и има много ниска флуоресценция сама по себе си, но е силно флуоресцентна, когато се свързва с ДНК. Ева Грийн също е доказано, че има много ниска или никаква цитотоксичност или мутагенност.