Молекулните съединения съдържат две или повече неметали (не амониевият йон). Обикновено можете да разпознаете молекулно съединение, тъй като първият елемент в името на съединението е неметал. Някои молекулни съединения съдържат водород, но ако видите съединение, което започва с "Н", можете да приемете, че е киселина, а не молекулярно съединение. Съединенията, състоящи се само от въглерод с водород, се наричат въглеводороди. Въглеводородите имат своя специална номенклатура, така че те се третират различно от другите молекулни съединения.
Неметалите могат да се комбинират в различни съотношения, така че е важно името на молекулно съединение да показва колко атоми от всеки тип елементи присъстват в съединението. Това се осъществява с помощта на префикси. Ако има само един атом от първия елемент, не се използва префикс. Обичайно е да се префиксира името на един атом на втория елемент с моно-. Например, CO се нарича въглероден оксид, а не въглероден оксид.
Можете да напишете формулата за ковалентно съединение от името му, като напишете символите за първия и втория елемент и преведете префиксите в абонаменти. Например, ксенон хексафлуорид ще бъде написан XF
6. Често срещано е студентите да имат проблеми с писането на формули от имена на съединения, тъй като йонните съединения и ковалентните съединения често се бъркат. Не балансирате заряди на ковалентни съединения; ако съединението не съдържа метал, не се опитвайте да балансирате това!