В определени региони, като Южна Индия, индуистките кралства се задържаха и дори се отблъскваха срещу мюсюлманския прилив. Подконтинентът също се сблъсква с нашествия от известни средноазиатски завоеватели Чингис хан, който не е мюсюлманин, и Тимур или Тамерлан, който беше.
Този период е предвестник на ерата на Моголите (1526-1857). Най- Моголска империя е създаден от Бабур, мюсюлмански княз с произход от Узбекистан. По-късно моголи, особено Акбар Велики, мюсюлманските императори и техните индуистки поданици достигнаха безпрецедентно разбиране и създадоха красива и процъфтяваща мултикултурна, мултиетническа и религиозно разнообразна държава.
През 1206 г. бивш мамелюкски роб на име Кутбуддин Айбак завладява Северна Индия и основава царство. Той се нарече султан от Делхи. Айбак беше говорител на тюркски език в Централна Азия, както и основателите на три от следващите четири султаната на Делхи. Общо пет династии на мюсюлмански султани са управлявали голяма част от Северна Индия до 1526 г., когато Бабур пометен от Афганистан, за да открие династията Могол.
През 1221 г. султанът Джалал ад-Дин Мингбурну избяга от столицата си в Самарканд, Узбекистан. Неговата империя Хверузмид попаднала на настъпващите армии на Чингис хан, а баща му бил убит, така че новият султан избягал на юг и изток в Индия. На река Инд в сегашния Пакистан монголите хванаха Мингбурну и неговите 50 000 останали войски. Монголската армия била само 30 000 души, но тя приковала персите срещу речния бряг и ги обезчести. Може да е лесно да съжаляваш за султана, но решението на баща му да убие монголските пратеници беше непосредствената искра, която започват монголските завоевания на Централна Азия и отвъд нея на първо място.
Династията Чола в Южна Индия имаше един от най-дългите периоди от всяка династия в човешката история. Основана известно време през 300-те г. пр. Н. Е., Тя продължи до 1250 г. пр.н.е. Няма запис на единична решителна битка; по-скоро, съседната Пандийска империя просто нарасна със сила и влияние до такава степен, че засенчи и постепенно изгаси древната политика на Чола. Тези индуистки царства били достатъчно далеч на юг, за да избягат от влиянието на мюсюлманските завоеватели, слизащи от Централна Азия.
През 1290 г. династията Мамлук в Делхи паднала, а династията Хилджи възникнала на нейно място, за да стане второто от петте семейства, управлявали Делхийския султанат. Династията Хилджи ще остане на власт само до 1320 година.
По време на краткото си, 30-годишно царуване, династията Хилджи успешно се противопоставя на редица нахлувания от Монголската империя. Последната, решителна битка, която приключи опитите на Монгол да завземе Индия, беше битката при Джаландхар в 1298 г., в която хилджийската армия изби около 20 000 монголи и изгони оцелелите от Индия за добре.
През 1320 г. ново семейство от смесена тюркска и индийска кръв завзема контрола над Делхийския султанат, с което започва периода на династията Туглак. Основана от Гази Малик, династията Туглак се разшири на юг през Деканското плато и завладява по-голямата част от Южна Индия за първи път. Тези териториални придобивки обаче не продължиха дълго. Към 1335 г. Делхийският султанат се е свил обратно в свикналата си област в Северна Индия.
Интересното е, че известният марокански пътешественик Ибн Батута служи като а Кади или ислямски съдия в съда на Гази Малик, който беше заел името на престола на Ghyasuddin Tughlaq. Той не беше благоприятно впечатлен от новия владетел на Индия, възхищавайки се на различните изтезания, използвани срещу хора, които не са успели да платят данъци, включително с разкъсани очи или разтопено олово гърлата. Ибн Батута беше особено ужасен, че тези ужаси са извършени както срещу мюсюлманите, така и срещу неверниците.
Докато властта на Туглак бързо угасна в южна Индия, нова индуистка империя се втурна да запълни вакуума на мощността. Империята Виджаянагара щеше да управлява повече от триста години от Карнатака. Той донесе безпрецедентно единство в Южна Индия, основано главно на индуистката солидарност в лицето на възприеманата мюсюлманска заплаха на север.
Въпреки че Виджаянагара успя да обедини голяма част от Южна Индия, те скоро загубиха плодородното плато Декан, което се простира през кръста на субконтинента до нов мюсюлмански султанат. Бахманският султанат е основан от тюркски бунтовници срещу туглите, наречени Ала-уд-Дин Хасан Бахман Шах. Той извади Декана далеч от Виджаянагара и неговият султанат остана силен повече от век. През 1480-те години обаче Бахманският султанат преминава в рязък упадък. Към 1512 г. пет по-малки султанати са се отцепили. Петнадесет години по-късно централната държава Бахмани няма. В безброй битки и схватки, малките държави-наследници успяха да отбият тоталното поражение от империята Виджаянагар. Въпреки това през 1686 г. безмилостният император Aurengzeb от моголите завладели последните останки от Бахманския султанат.
Мадурайският султанат, известен също като Ма'барския султанат, е друг управляван от тюркски регион район, който се е освободил от Делхийския султанат. Базиран на юг в Тамил Наду, Мадурайският султанат просъществува само 48 години, преди да бъде завладян от Кралството на Виджаянагара.
Четиринадесети век от западния календар завърши с кръв и хаос за династията Туглак от Делхийския султанат. Кръвожадният завоевател Тимур, известен още като Тамерлан, нахлува в Северна Индия и започва да завладява един по един градовете на Туглаките. Гражданите в поразените градове бяха избити, а отсечените им глави бяха натрупани в пирамиди. През декември 1398 г. Тимур превзел Делхи, като разграбил града и избил жителите му. Туглаците държат на власт до 1414 г., но столицата им не се възстановява от терора на Тимур повече от век.