Конфедеративните американски щати (CSA) са основани през февруари 1861 г. Същинската гражданска война започва на 12 април 1861 г. Само пет дни по-късно Вирджиния стана осмата държава, която се отдели от Съюза. Решението за разделяне беше всичко друго, но не и единодушно и доведе до формирането на Западна Вирджиния на 26 ноември 1861 г. Тази нова гранична държава не се отдели от Съюза. Западна Вирджиния е единствената държава, която се е образувала чрез отделяне от конфедеративна държава. Член IV, раздел 3 от Американска конституция предвижда, че нова държава не може да се формира в държавата без съгласието на тази държава. С отцепването на Вирджиния обаче това не се наложи.
Вирджиния имаше най-голямо население на юг и историята на историята му играеше огромна роля при основаването на САЩ. Това беше родното място и домът на президентите Джордж Вашингтон и Томас Джеферсън. През май 1861 г. Ричмънд, Вирджиния става столица на CSA, тъй като разполага с природните богатства, от които правителството на Конфедерация толкова силно се нуждае, за да води ефективно война срещу Съюза. Въпреки че градът Ричмънд е разположен само на 100 мили от американската столица във Вашингтон, D.C., той е голям индустриален град. Ричмънд е бил и домът на Tredegar Iron Works - една от най-големите леярни в САЩ преди началото на Гражданската война. По време на войната Tredegar произвежда над 1000 канона за Конфедерацията, както и броня, покриваща военни кораби. В допълнение към това индустрията на Ричмънд произвежда редица различни военни материали като боеприпаси, оръжия и мечове, както и доставя униформи, палатки и кожени изделия на армията на Конфедерацията.
Битки във Вирджиния
По-голямата част от битките в Източния театър на Гражданската война се състояха във Вирджиния, главно поради необходимостта да се защити Ричмънд от превземането му от силите на Съюза. Тези битки включват Battle of Bull Run, който е известен още като Първия Манас. Това е първата голяма битка на Гражданската война, водена на 21 юли 1861 г., а също и голяма победа на Конфедерацията. На 28 август 1862 г. започва Втора битка при бикове. Той продължи три дни с над комбинирани 100 000 войници на бойното поле. Тази битка също завърши с победа на конфедерацията.
Hampton Roads, Вирджиния също е била мястото на първата морска битка между железопътните военни кораби. USS Monitor и CSS Virginia се бориха до равенство през март 1862 година. Други големи сухопътни битки във Вирджиния включват долината Шенандоа, Фредериксбург и Канцлерсвил.
На 3 април 1865 г. конфедеративните сили и правителството евакуират столицата си в Ричмънд и войски беше наредено да изгорят всички промишлени складове и предприятия, които биха били от полза за Съюза сили. Tredegar Irons Works беше един от малкото предприятия, които оцеляха след изгарянето на Ричмънд, тъй като неговият собственик го защити чрез използването на въоръжена охрана. Настъпващата армия на Съюза започна бързо да гаси пожарите, спасявайки повечето разрушени жилищни райони. Бизнес кварталът не оцени добре, като някои оценяваха поне двадесет и пет процента от предприятията, претърпяли пълна загуба. За разлика от унищожаването на генерал Шерман на Юга по време на неговия „Марш до морето“, градът Ричмънд унищожиха самите конфедерати.
На 9 април 1865 г. Съдебната къща на битката при Appomattox се оказва последната значима битка на Гражданската била, както и последната битка за генерал Робърт Е. Лий. Той официално ще предаде там Юнион Генерал Улис С. Грант на 12 април 1865г. Войната във Вирджиния най-накрая приключи.