Калциево-фосфатното съединение, което представлява зъбния емайл, е модифицирана форма на хидроксиапатит, която е податлива на атака от киселини. Бактериите, които виреят върху съдържащите се в устата захари, се размножават по зъбните повърхности и произвеждат киселини.
Механичното миене на зъбите изхвърля тези бактерии и ги изплаква, но не прави нищо за преодоляване на продължаващите щети на емайла от излагане на киселина. За щастие, слюнката неутрализира тези киселини, а зъбите използват съединения, открити в слюнката, за да реминерализират емайла. И така, докато скоростта на деминерализация и скоростта на реминерализация останат в баланс, зъбите остават силни и здрави.
Когато от зъбите се губят повече минерали, отколкото се заменят, се образува зъбен кариес или кухини. Флуорът помага чрез взаимодействие с хидроксиапатит за образуване на по-силно съединение, което е по-малко податливо на атака с киселина. Също така, флуорът реминерализира увредения емайл (въпреки че не може да фиксира кухина, след като се е образувал). Има някои доказателства, че флуоридът може да потисне растежа на бактериите по зъбите или да ограничи капацитета им за производство на киселина.
Въпреки че изплюете паста за зъби и вероятно изплаквате устата си, достатъчно количество флуор остава върху зъбите ви и в слюнката си, за да предоставите защита за известно време след измиване на зъбите или използване на флуорирана изплакнете.