Някои организации може да имат оперативни връзки с основната група на Осама бин Ладен. Все по-често обаче групите, обещаващи вярност на Ал Кайда, нямат формална асоциация.
Докато много анализатори използват метафората на маркетинга, за да опишат Ал Кайда като "марка", а издънките й като "франчайзи", други описват феномена на децентрализация по отношение на основна група от професионалисти, заобиколен от ново членство в „низови“ филиали.
Тази децентрализация е следствие от стратегията, а не случайност, според анализатора Адам Елкус. През 2007 г. той пише, че:
Ал Кайда се движи към децентрализация още от нахлуването в Афганистан, с изолирани клетки и слабо свързани групи, които имат само дебела връзка с по-голяма йерархия на Ал Кайда, включена в някои от тези „нокаутирани“ групи, произхожда от съществуващи войнствени групи, ангажирани с някаква версия на ислямистка трансформация на техните обществото. В Алжир, например, Ал Кайда в ислямския Магреб е ново въплъщение на друга група, салафистката Група за повикване и борба, която има дълъг и насилствен ангажимент да свали алжиреца правителство. Внезапният ангажимент на групата към глобалния джихад в стил „Ал Кайда“ трябва да се приеме със зърно сол или поне да се изследва в светлината на нейната местна история.