Алхимикът е роман, написан в две части и епилог. Той се върти около андалуски овчар на име Сантяго и търсенето на собствената му лична легенда, която го отвежда от селото си до пирамидите на Египет. В пътуванията си той среща поредица от герои, които или директно му помагат, или го учат ценен урок чрез пример.
Мелхиседек и алхимикът стават ментори, докато англичанинът предоставя и пример за това, което се случва, ако се надявате да придобиете знания главно от книгите и търговецът на кристали му показва вида на живота, който човек води, ако не се съобразява с Личен Legend. Алхимикът е поставен във вселена, където всяко същество има своя лична легенда и където светът има душа, която се споделя от всичко - от живи същества до груба материя.
Част първа
Сантяго е млад овчар от Андалусия и е щастлив от предстоящото пътуване до град, където е бил предишната година, тъй като се е запознал с момиче, с което се е вбесил. Тя е дъщеря на търговец, който купува вълна от него, мъж с въпроси, свързани с доверието, който изисква Сантяго да стриже овцете си пред него, за да избегне измама. Той спи в изоставена църква, където има повтарящ се сън, включващ гледката на пирамиди. Когато той го обяснява на циганка, тя го тълкува доста директно, казвайки, че той наистина трябва да пътува до Египет, за да намери погребано съкровище. Отначало той се колебае, защото се радва на живота си като овчар и трябваше да противи волята на родителите си да го преследва, тъй като те искаха той да стане свещеник.
След това се натъква на старец, който се казва Мелхиседек, който обяснява понятието „Лична легенда”, което е лично изпълнение, което всеки е длъжен да преследва. Това е „онова, което винаги сте искали да постигнете. Всеки, когато е млад, знае каква е тяхната лична легенда. “Той му казва, че трябва да слуша поличби, за да намери своя съкровище и той му дава два вълшебни камъка, Урим и Тумим, които отговарят „да“ и „не“ на въпросите, на които не може да намери отговор самостоятелно.
Сантяго стига до Танжер, след като продаде овцете си, но веднъж там, той е ограбен от всичките си пари от човек, който му е казал, че може да го заведе в пирамидите. Това не го вълнува твърде много, тъй като той започва да работи за търговец на кристали, всъщност подсилва бизнеса на работодателя си с умни идеи. Търговецът на кристали сам използвал Лична легенда - правел поклонение в Мека, но той се отказал от нея.
Част две
След като Сантяго прави достатъчно пари, той не е сигурен какво да прави. Изминаха единадесет месеца и той не е сигурен дали трябва да се върне в Андалусия, за да купи овце с доходите си или да продължи с търсенето си. В крайна сметка се присъединява към керван, за да пътува до пирамидите. Там той среща един свой пътешественик, известен като англичанинът, който се занимава с алхимия. Той се отправя към оазиса Ал-Фаюм, за да срещне алхимик, тъй като се надява да научи как да превърне всеки метал в злато. Докато пътувате в пустинята, Сантяго научава как да се свържете с Душата на света.
Войните кипят в пустинята, така че керванът засега остава в оазиса. Сантяго решава да помогне на англичанина да намери алхимика. Техният източник на информация е Фатима, момиче, което той среща, докато събира вода от кладенеца и в което той незабавно се влюбва. Той предлага брак с нея, а тя се съгласява, при условие че той завърши търсенето си. Тя е "пустиня жена", която може да чете поличбите и знае, че всеки трябва да си тръгне, преди да се върне.
След като се отклонява в пустинята, Сантяго има визия, любезно как двама ястреби атакуват един друг, оазисът се атакува. Нападането на оазис е нарушение на правилата на пустинята, затова той го свързва с вождовете, но те казват, че той ще трябва да плати с живота си, ако оазисът не се окаже нападнат. Скоро след това видение той среща непознат, облечен в черни дрехи, седнал на бял кон, който се разкрива като алхимик.
Оазисът се атакува и благодарение на предупреждението на Сантяго, обитателите успяват да победят нападателите. Това не остава незабелязано от алхимика, който от своя страна решава да наставлява Сантяго и да му помогне да стигне до пирамидите. Те обаче скоро са пленени от друга група воини в пустинята. Алхимикът казва на Сантяго, че за да напредне с пътуването, той трябва да стане вятър.
Познавайки все повече и повече душата на света, Сантяго се концентрира върху пустинята и в крайна сметка успява да се превърне в вятъра. Това плаши похитителите, които незабавно освобождават и него, и алхимика.
Правят го в манастир, където алхимикът превръща някои олово в злато и го разделя. Пътуването му спира дотук, тъй като трябва да се върне в оазиса, но Сантяго продължава и накрая стига до пирамидите. Той започва да копае на мястото, за което е мечтал да намери съкровището си, но е в засада от нападатели и предприема тежък побой. Един от нападателите, след като се запита какво прави Сантяго там, го подиграва за мечтата си, споменавайки, че сънувал е съкровище, погребано от изоставена църква в Испания, и че не е достатъчно глупав, за да го преследва то.
епилог
Това дава на Сантяго отговора, който търсеше. След като се върне в църквата в Испания, той незабавно изкопава съкровището, спомня си, че дължи част от него на циганката и решава да се събере отново с Фатима.