Битката при Лепанто била ключов морски ангажимент по време на Османско-Хабсбургските войни. Светата лига побеждава османците при Лепанто на 7 октомври 1571 г.
След смъртта на Сюлейман Великолепни и изкачване на султан Селим II на османския престол през 1566 г., започват планове за евентуалното превземане на Кипър. Държан от венецианците от 1489 г., островът до голяма степен е бил обграден от османските владения в континенталната част и предлагал безопасно пристанище за корсари, които рутинно атакували османското корабоплаване. С края на продължителен конфликт с Унгария през 1568 г. Селим се придвижва напред с проектите си на острова. Кацайки нахлуваща сила през 1570 г., османците превземат Никозия след кървава седемседмична обсада и печелят няколко победи, преди да пристигнат в последната венецианска крепост на Фамагуста. Неспособни да проникнат в защитните сили на града, те обсаждат през септември 1570г. В стремежа си да подкрепи подкрепата за венецианската борба срещу османците папа Пий V работи неуморно за изграждането на съюз от християнските държави в Средиземноморието.
През 1571 г. християнските сили в Средиземноморието събраха голям флот, за да се изправят срещу нарастващата заплаха на Османската империя. Събирайки се в Месина, Сицилия през юли и август, християнската сила беше ръководена от дон Йоан Австрийски и съдържаше съдове от Венеция, Испания, Папските държави, Генуа, Савой и Малта. Плавайки под знамето на Светата лига, флотът на Дон Джон се състоеше от 206 галери и 6 галони (големи галери, които монтираха артилерия). Гребайки на изток, флотът спря на Вискардо в Кефалония, където научи за падането на Фамагуста и изтезанията и убийствата на венецианските командири там. Продължително лошо време Дон Джон притисна към Сами и пристигна на 6 октомври. Връщайки се в морето на следващия ден, флотът на Светата лига влезе в залива на Патра и скоро се натъкна на османския флот на Али Паша.
Разгръщането
Командвайки 230 галери и 56 галиота (малки галери), Али паша бе тръгнал от базата си в Лепанто и се придвижваше на запад, за да пресече флота на Светата лига. Докато флотите се виждаха помежду си, те се формираха за битка. За Светата лига, Дон Джон, на борда на галерата реален, разделил силите си на четири дивизии, като венецианците под Агостино Барбариго отляво, самият той в центъра, генуезците под Джовани Андреа Дория отдясно и резерват, воден от Алваро де Базан, маркиз Санта Крус в задната. Освен това той избутал очила пред лявата и централната си дивизия, където те можели да бомбардират османския флот.
Сблъсъкът на флотите
Носещ знамето си от фаворитка, Али паша поведе османския център, като Чулук бей вдясно и Улуж Али отляво. Когато битката се отворила, чашите на Светата лига потопили две галери и разрушили османските формирования с огъня си. Докато флотите се приближиха, Дория видя, че линията на Улуж Али се простира отвъд неговата. Прехвърляйки се на юг, за да избегне фланг, Дория откри пропаст между дивизията си и тази на Дон Джон. Виждайки дупката, Улуж Али се обърна на север и нападна в пропастта. Дория отговори на това и скоро корабите му дуел с тези на Улуж Али.
На север Чулук бей успя да обърне левия фланг на Светата лига, но реши съпротивата на венецианците и навременното пристигане на галас, победи в атаката. Малко след началото на битката двата флагмана се намериха помежду си и между тях започна отчаяна борба реален и фаворитка. Затворени заедно, испанските войски два пъти бяха отблъснати, когато се опитаха да се качат на османската галера и бяха необходими подкрепления от други плавателни съдове, за да се обърне приливът. При третия опит, с помощта на галерата на Алваро де Базан, хората на Дон Джон успяха да вземат фаворитка убива Али паша в процеса.
На фона на желанията на дон Джон, Али паша е обезглавен и главата му е показана на щука. Гледката на главата на командира им оказа силно въздействие върху османския морал и те започнаха да се отдръпват около 16 ч. Улуж Али, който постигна успех срещу Дория и превзе малтийския флагман Капитана, оттеглени с шестнадесет галери и двадесет и четири галиона.
Последица и въздействие
В битката при Лепанто Светата лига загуби 50 галери и претърпя приблизително 13 000 жертви. Това беше компенсирано от освобождаването на подобен брой християнски роби от османските кораби. Освен смъртта на Али паша, османците загубват 25 000 убити и ранени и още 3500 пленни. Техният флот загуби 210 кораба, от които 130 бяха пленени от Светата лига. Стигайки до това, което се разглежда като кризисен момент за християнството, победата при Лепанто доведе до османската експанзия в Средиземноморието и попречи на влиянието им да се разпространи на запад. Въпреки че флотът на Светата лига не успя да използва победата си поради настъпването на зимно време, операциите през следващите две години на практика потвърдиха разделение на Средиземно море между християнските държави на запад и османците на изток.