Редица структури са разположени в мезенцефалона, включително тектум, тегмент, церебрална дръжка, субстанция нигра, костен главен мозък и черепни нерви (окуломотор и трохлеар). Най- тектум се състои от заоблени издутини, наречени коликули, които участват в процесите на зрението и слуха. Най- церебрален дръжка е сноп от нервни влакна, които свързват предния мозък и задния мозък. Церебралната дръжка включва tegementum (образува основата на средния мозък) и кръстоносния мозък (нервни пътища, които свързват главен мозък с малък мозък). Най- substantia nigra има нервни връзки с фронтални лобове и други области на мозъка, участващи в двигателната функция. Клетките в субстанция нигра също произвеждат допамин, химически пратеник, който помага за координацията мускул движение.
Невродегенерация на нервни клетки в веществото nigra води до отпадане на производството на допамин. Значителната загуба на нивата на допамин (60-80%) може да доведе до развитието на болестта на Паркинсон. Болестта на Паркинсон е а
нервна система разстройство, което води до загуба на моторния контрол и координация. Симптомите включват тремор, бавно движение, мускулна скованост и проблеми с равновесието.