Аминокиселините са вид органична киселина, която съдържа както карбоксилна група (COOH), така и амино група (NH2). Общата формула за аминокиселина е дадена по-долу. Въпреки че неутрално заредената структура е написана обикновено, тя е неточна, тъй като киселият СООН и основен NH2 групите реагират помежду си, за да образуват вътрешна сол, наречена цвитерион. Zwitterion няма нетна такса; има един отрицателен (СОО)-) и един положителен (NH3+) зареждане.
Има 20 аминокиселини, получени от протеини. Въпреки че има няколко метода за тяхното категоризиране, един от най-разпространените е да ги групирате според естеството на техните странични вериги.
Има осем аминокиселини с неполярни странични вериги. Глицинът, аланинът и пролинът имат малки, неполярни странични вериги и всички са слабо хидрофобни. Фенилаланин, валин, левцин, изолевцин и метионин имат по-големи странични вериги и са по-силно хидрофобни.
Има и осем аминокиселини с полярни, незаредени странични вериги. Серинът и треонинът имат хидроксилни групи. Аспарагин и глутамин имат амидни групи. Хистидинът и триптофанът имат хетероциклични ароматни аминови странични вериги. Цистеинът има сулфхидрилна група. Тирозинът има фенолна странична верига. Сулфхидрилната група на цистеина, фенолната хидроксилна група на тирозина и имидазоловата група на хистидин показват някаква степен на pH-зависима йонизация.
Има четири аминокиселини с заредени странични вериги. Аспарагиновата киселина и глутаминовата киселина имат карбоксилни групи на страничните си вериги. Всяка киселина е напълно йонизирана при pH 7.4. Аргининът и лизинът имат странични вериги с амино групи. Страничните им вериги са изцяло протонирани при pH 7.4.